Současný konflikt má tři rozměry – politický spor uvnitř vládnoucí strany (SPLM), regionální a etnickou válku a krizi v samotné armádě.
Politické rozepře ve straně jsou dlouholeté. Již před získáním nezávislosti v červenci 2011 bylo vedení SPLM rozděleno několika způsoby – zda spolupracovat s vládou v Súdánu, stejně tak ohledně rozdělení moci a bohatství v jižním Súdánu. Prezident Jižního Súdánu upřednostňoval dobré vztahy se Súdánem, aby zajistil ropné příjmy (vývoz ropy Jižního Súdánu závisí na potrubí, které vede přes Súdán na pobřeží Rudého moře). Jiní straničtí vůdcové zastávali opačný názor a tvrdili, že Jižní Súdán by měl využít příležitost pro režimní změnu v Chartúmu a podpořit rebely.
S vládou ochromenou vnitřními boji Kiir zbavil funkci víceprezidenta Rieka Machara a většinu svého kabinetu v červenci tohoto roku. Propuštění politici zahájili protiútok skrz vnitřní rozhodující orgány SPLM, kde byli přesvědčeni, že by mohli ovládnout většinové hlasování. Na oplátku Kiir pozastavil tyto instituce. Když 14. prosince opožděně svolal zasedání Rady národního osvobození – nejvyšší rozhodovací orgán, spor propukl naplno. Spor, který byl nenásilný, se změnil v násilný. Kiir obvinil odpůrce z pokusu o převrat. Oni obvinili jeho z porušení národní ústavy a pravidel a postupů SPLM .
Konflikt byl poznamenán zřejmým nárůstem etnického násilí mezi etnikem Dinka, do kterého spadá Kiira proti etniku Nuer (Machar). Nicméně jedná se stále spíše o mocensko-politický politický konflikt, spíše než konflikt etnický. Jak již bylo zmíněno, donedávna byli jak Kiir tak Machar členy jedné politické strany a rozešli se až v důsledku odlišných politických názorů.
Prezident vyhlásil stav ohrožení. Zástupci obou stran ve středu přiletěli do Addis Abeby, kde by dnes měla probíhat diskuze, která by měla vést k ukončení tři týdny starého konfliktu. Konflikt však v zemi stále pokračuje a má již tisíce obětí a přibližně 200 tisíc lidí bylo donuceno opustit své domovy.
Pokud se však vrátíme ke straně SPLM, ta nikdy nefungovala jako skutečná strana. Původně v roce 1980 SPLM byla pouze armáda, jejímž cílem byla změna režimu v Chartúmu. SPLM měla první „stranický“ kongres až v roce 1994 během kterého vedení ignorovalo doporučení formalizování rozhodovacích postupů. Další kongres se konal až v roce 2008 a byl paralyzován vnitřními boji.
Po celou dobu SPLM skrývalo své nedostatky jakéhokoliv praktického programu pro vnitřní společenskou změnu za rétorikou boje proti vnějšímu útlaku. Po získání nezávislosti se hned obrátili na Organizaci spojených národů s žádosti o zajištění mise na udržení míru. Nedá se tedy říci, že by se tato strana sama zaměřila na budování státu.
Není tedy divu, že jsou politické instituce dnes v Jižním Súdánu slabé. Prioritou by nyní mělo být obnovení těchto institucí a zahájit širší dialog s ostatními politickými stranami a společenskými vůdci.
V budování státu, nic nemůže nahradit zkušenosti. Dnešní krize ukazuje, že vůdci Jižního Súdánu selhali. I kdyby se obě strany nyní dohodly na spolupráci, nejednalo by se nyní pouze o opakovaný pokus o spolupráci na vzniku fungujícího státu, ale musely by zde obě strany zapracovat i na znovunabytí důvěry mezi lidmi, což v tak mladém státu bez zkušených politických vůdců, ještě více zkomplikuje nyní vyhrocená situaci.